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万分之五。经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。依据上述规定，甲乙双方应该分别就股权转让合同金额按"产权转移书据"税目，适用万分之五税率缴纳印花税。

《中华人民共和国印花税暂行条例》第三条 纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。应纳税额不足一角的，免纳印花税。应纳税额在一角以上的，其税额尾数不满五分的不计，满五分的按一角计算缴纳。